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El origen de los Phoronida, ciertamente monofilético con los otros Lophophorata, se remonta hace unos 1000 MA. Aunque como fósiles, los foronídeos no se conocen nada más que a partir del Devónico (los braquiópodos, en cambio desde el Cámbrico y los briozoos desde el Ordovícico), son precisamente los Phoronida quienes han conservado una forma y un modo de vida ancestral, próximo al del antecesor Protolofoforado (Emig, 1984).
Varios autores (Fenton & Fenton, 1934; Avnimelech, 1955; Josey, 1959; Voigt, 1972; Mackinnon & Biernat, 1970; Sokoloski, 2005) sugirieron que algunos tubos o madrigueras cilíndricas del registro fósil (por otra parte, descritos bajo distintos icnogeneros, como Skolithos, Talpina, Diorygma...) pertenecen a Phoronida. Recientemente, Voigt (1975) demostró la identidad del icnogénero Talpina von Hagenow, 1840, con el género Phoronis y lo confirmó en 1978. Voigt (1972) también probó que Conchotrema Teichert 1945 es un sinónimo de Talpina, lo que fue ratificado por Plewes (1996).
Talpina es abundante y conocido del Cretáceo (Voigt, 1972) y Jurásico (Fürsich et al., 1994). El icnogénero se extiende hacia atrás hasta el Devónico superior (Thomas, 1911; Rodriguez & Gutschick, 1970; véase Bromley, 2004). Tubos fósiles de foronídeos se conocen desde el Devónico (véase Emig, 1982). Talpina es perforante en varios substratos como en algas calcáreas, en equínidos, conchas de moluscos o en el rostro de belemnites. Voigt da criterios para discriminar los tubos de foronídeos de otros similares como talofitas, esponjas, briozoos o "gusanos".
Los tubos del icnogénero Talpina ramosa que ocurre con frecuencia dentro de los rostros de Belemnella y Belemnitella (cf. Voigt, 1972) han sido descritos dentro de las cavidades que provienen de la destrucción diagenética de corales aragoníticos de la creta del Maastrichtiano (Voigt, 1978).
No ha sido confirmada en la actualidad la presencia frecuente de foraminíferos aglutinados alrededor de la abertura del tubo de un animal fósil parecido a Phoronopsis ni la sugerencia de un comensalismo entre ambos organismos fósiles en Maastrichtiano Superior (Voigt, 1970).
Iotuba chengjiangensis fue descrita por Chen & Zhou (1997) en la fauna del Chengjiang (Cámbrico Inferior) a partir de tres ejemplares: se trataría de un foronídeo con un tubo digestivo en U y un penacho de tentáculos.
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